3月17日下午，深圳卫健委官方微博发布消息称，作为深圳目前旅客入境的重要口岸和门户，深圳湾口岸成立了防范境外疫情输入的指挥部，严防疫情感染传播。深圳湾口岸将所有入境人员的分流入境，分为三类进行：
1、 如出现发热咳嗽等症状或密切接触者等人员将在工作人员协助下，做好防护措施后由120急救车送往医院，实现入境后境内零接触；
2、 持香港证件的人员在确认过往14天没有国外旅居史且无症状将直接通关；
3、 持护照的旅客则在入境厅通过专门人员指引，进行更细致地快速分流。在口岸处设置了深圳十一个区的分流处及大巴车，所有持护照的入境人员，工作人员按照他们的居住地， 进行统一分流并将对他们进行集中隔离以及核酸检测等防疫工作。
深圳市南山区应急管理局局长李昭志介绍，针对省内的兄弟城市入境人员，先将他们接到中转的酒店采样，采完样后与目的地指挥部联系，派专车把人员接回目的地。核酸检测结果随后也会通过卫健系统发到他的所在地。
针对入境省外人员，将其安置后进行核酸检测，无异常情况再送至所需公共交通站点。
目前，深圳已有6宗境外输入病例，其中有4宗为从国外飞往香港机场，再经深圳湾口岸返回深圳。此外，东莞和广州各有一例境外输入病例，均经由深圳湾口岸入境。
自2月4日起，香港关闭了4个陆路口岸，目前出入境口岸仅剩香港国际机场、港珠澳大桥的香港口岸和深圳湾口岸。
随着国外疫情的蔓延，不少深圳以及深圳邻近地方的中国留学生等群体取道香港机场返回，这也导致近日以来深圳湾口岸的入境压力增加。
根据香港入境事务处的数据，3月16日，经香港机场入境香港的内地访客数量达到1662人，经深圳湾口岸出境香港（入境深圳）的内地访客数量为1450人，这也是连续第4日两个数字过千，对比一个星期前均有显著增加。
就在3月17日，香港特区政府宣布称，鉴于新冠肺炎疫情全球蔓延，从19日零时起所有由外国入境香港的人士都必须接受14日强制检疫或医学监察。
而对于过境人士而言，在香港最长停留时限为7天。这意味着，在3月19日以后，经香港机场再进入内地的国际旅客数量将大为减少。